Na obszarze Parku i otuliny występuje 359 gatunków chronionych zwierząt, w tym:
- 422 gatunków bezkręgowców wód śródlądowych (w tym 238 gatunków owadów), w tym:
- 4 gatunki pod ochroną ścisłą,
- 5 gatunków pod ochroną częściową;
- 1960 gatunków bezkręgowców lądowych (w tym 1876 gatunków owadów i 51 pajęczaków), w tym:
- 5 gatunków pod ochroną ścisłą,
- 17 gatunków pod ochrona częściową,
- 312 gatunków szczególnej troski – rzadkich lub zagrożonych;
- 2 gatunki z gromady krągłoustych objęte ochroną częściową;
- 57 gatunków ryb, w tym:
- 12 gatunków objętych ochroną częściową;
- 13 gatunków płazów, w tym:
- 4 gatunki objęte ochroną ścisłą,
- 3 gatunki objęte ochroną ścisłą, wymagające ochrony czynnej,
- 6 gatunków objętych ochroną częściową;
- 6 gatunków gadów w tym:
- 1 gatunek objęty ochroną ścisłą, wymagający ochrony czynnej,
- 5 gatunków objętych ochroną częściową;
- 360 gatunków ptaków, w tym:
- 247 gatunków objętych ochroną ścisłą,
- 56 gatunków objętych ochroną ścisłą, wymagających ochrony czynnej,
- 14 gatunków wymagających strefy ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania,
- 8 gatunków objętych ochroną częściową;
- 55 gatunków ssaków, w tym:
- 1 gatunek objęty ochroną ścisłą,
- 14 gatunków objętych ochroną ścisłą, wymagających ochrony czynnej,
- 15 gatunków objętych ochroną częściową,
- 5 gatunków objętych Załącznikiem II Dyrektywy Siedliskowej (wymagających tworzenia Specjalnych Obszarów Ochrony Natura 2000).