Dla zachowania walorów przyrodniczych i krajobrazowych najcenniejszych obszarów na terenie NPK i jego otuliny utworzono 13 rezerwatów przyrody, 4 użytki ekologiczne, 1 stanowisko dokumentacyjne przyrody nieożywionej oraz obszary Natura 2000 (2 obszary ochrony ptaków i 6 obszarów ochrony siedlisk). Ponadto Park został zgłoszony w 1994 r. do systemu Bałtyckich Obszarów Chronionych (BALTIC SEA PROTECTED AREAS – HELCOM BSPA).
