Na obszarze Parku występuje 359 gatunków chronionych zwierząt, w tym:
- 1 gatunek z gromady krągłoustych objęty ochroną częściową;
- 8 gatunków ryb objętych ochroną częściową;
- 13 gatunków płazów, w tym:
- 4 gatunki objęte ochroną ścisłą,
- 3 gatunki objęte ochroną ścisłą, wymagające ochrony czynnej,
- 6 gatunków objętych ochroną częściową;
- 5 gatunków gadów objętych ochroną częściową;
- 311 gatunków ptaków, w tym:
- 247 gatunków objętych ochroną ścisłą,
- 56 gatunków objętych ochroną ścisłą, wymagających ochrony czynnej,
- 14 gatunków wymagających strefy ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania,
- 8 gatunków objętych ochroną częściową;
- 21 gatunków ssaków, w tym:
- 3 gatunki objęte ochroną ścisłą,
- 8 gatunków objętych ochroną ścisłą, wymagających ochrony czynnej,
- 10 gatunków objętych ochroną częściową.